Genomika u zootehnici

Nastavnici na predmetu

Nositelj

izv.prof.dr.sc. Ivona Djurkin Kušec

Suradnici

doc.dr.sc. Vladimir Margeta
Prof.dr.sc. Goran Kušec

Ciljevi predmeta

Upoznati studente s metodama molekularne genetike, te njihovoj primjeni u zootehnici, kao i mogućnostima njihova udruživanja s klasičnim metodama populacijske i kvantitativne genetike.

Ishodi učenja

  1. Prepoznati molekularne metode koje se koriste u analizi genoma, a koje su primjenjive u zootehnici.
  2. Opisati različite genske mape i genetske markere.
  3. Objasniti kandidatne i major gene.
  4. Definirati i usporediti marker asistiranu selekciju, genomsku selekciju i GWAS.
  5. Nabrojati i opisati različite metode temeljene na lančanoj reakciji polimerazom.
  6. Primijeniti navedene spoznaje te komentirati zadanu temu iz genomike u stočarstvu.

Ocjenjivanje i vrednovanje

Elementi praćenja i provjeravanja opterećenje u ECTS udio (%) u ocjeni
Pohađanje predavanja 2,6 -
Kontinuirano praćenje nastave (aktivnost na nastavi, priprema za nastavni sat, refleksivni osvrt na nastavne sadržaje) 0,8 20%
Seminarski rad 0,4 10%
Usmeni ispit 2,2 70%
Ukupno 6 100%

Literature

Obavezna literatura

  1. Alberts, B., Johnson, A., Lewis, J., et al. Molecular Biology of the Cell. 4th edition. New York: Garland Science. 2002.
  2. Falconer, D.S. and Mackay, T.F.: Introduction to quantitative genetics, Logmann Group Ltd. 1996.
  3. Lewin, B.: Genes VII. Oxford University Press. 2000.
  4. Brown, T.A.: Gene Cloning and DNA analysis. An Introduction. 4th edition. Blackwell Science Ltd. 2001.
  5. Meneely, P. Advanced genetic analysis: genes, genomes, and networks in eukaryotes. Oxford University Press. 2009
  6. Craig, N.L., Cohen-Fix, O., Green, R., Greider, C.W., Storz, G., Wolberger, C. Molecular Biology: Principles of Genome Function. Oxford University Press. 2010.
  7. Yount, L. Genetika i genetičko inžinjerstvo. Sys Print d.o.o. 1997.
  8. Kralik, G., Kušec, G., Kralik, D., Margeta, V. Svinjogojstvo. Biološki i zootehnički principi.Poljoprivredni fakultet, Sveučilište Josipa Jurja Strossmayera u Osijeku; Agronomski fakultet, Sveučilište u Mostaru. 2007.
  9. Ambriović Ristov, A., Brozović, A., BruvoMađarić, B., Ćetković, H., Herak Bosnar, M., Hranilović, D., Katušić Hećimović, S., Meštrović Radan, N., Mihaljević, S., Slade, N., Vujaklija, D. Metode u molekularnoj biologiji. Sveučilište u Zagrebu. 2007.
  10. Rotschild, F.M. and Ruvinsky, A. The genetics of the pig. 2nd edition. CAB International. 2011.
  11. Toldrá, F. Meat Biotechnology. Springer Science+Business Media, LLC. 2008.
  12. Guimarães, E., Ruane, J., Scherf, B.,Sonnino, A., Dargie, J.: Marker-assisted selection: Current status and future perspectives in crops, livestock, forestry and fish. Food and agriculture organization of the united nations.2009.
  13. Gondro, C., Van der Werf, J., Hayes, B.: Genome-wide Association Studies and Genomic Prediction. Springer Science+Business Media, LLC. 2013.

Izborna literatura

  1. Znanstveni radovi iz područja primjene molekularnih metoda i kvantitativne genetike u zootehnici (kakvoća animalnih proizvoda, rast i razvoj životinja, reprodukcija, bioraznolikost, očuvanje pasmina i dr.)

Nastavne cjeline

Nastavne cjeline Teme i literatura Ishodi učenja
1. Uvodno upoznavanje s modulom, literaturom, načinima provođenja nastave, obavezama studenata tijekom nastave.  
Molekularne metode analize gena i njihovih produkata. Molecular Biology: Principles of Genome Function: str. 1-26 i 669-690. Molecular Biology of the Cell: str. 192-234 i 302-373. Genes VII.: str. 68-87; Advanced genetic analysis: genes, genomes, and networks in eukaryotes: str. 5-16; Svinjogojstvo. Biološki i zootehnički principi: str. 219-234; Genetika i genetičko inžinjerstvo: str. 75. 1
2. Polimorfizmi i kriptopolimorfizmi. Genes VII.: str. 37-65; Molecular Biology: Principles of Genome Function: str. 694-713. 1, 2
3. Mapiranje gena; linkage i fizičke mape gena Molecular Biology: Principles of Genome Function: str.797-806; Svinjogojstvo. Biološki i zootehnički principi: str. 242-245; The genetics of the pig: str.150-160; Gene Cloning and DNA analysis. An Introduction: str. 257-258. 2
4. Genetski markeri The genetics of the pig: str. 311-320 i 81-89; Meat Biotechnology: str. 29-32 i 66-85; Svinjogojstvo. Biološki i zootehnički principi: str. 236-242. 2, 3
5. Identifikacija lokusa kvantitativnih svojstava (QTL); Kandidat geni i major geni. Quantitative Genetics: str. 356-377; Meat Biotechnology: str. 6-15 i 32-55. 3
6. Marker asistirana selekcija (MAS); genomska selekcija; GWAS (Genome Wide Association Studies) Meat Biotechnology: str. 23-29; Svinjogojstvo. Biološki i zootehnički principi: str. 252-255; Genome- wide Association Studies and Genomic Prediction: str. 543-560; Marker-assisted selection: Current status and future perspectives in crops, livestock, forestry and fish: str. 169-228. 4
7. Izolacija DNA; digestija DNA restrikcijskim endonukleazama; elektroforeza digestirane DNA; lančana reakcija polimerazom (PCR). Metode u molekularnoj biologiji: str. 155-158; 165-167; 199; 201-204; 359-389; 399-406. 5
8. Hibridizacija DNA; southern blotting; northern blotting; dot blotting (allele specific oligonucleotide, ASO). Metode u molekularnoj biologiji: str. 279-357. 5
9. Prezentacije seminarskih radova 6

Ispitni rokovi