Temeljne su ustrojbene jedinice Fakulteta:

1. Zavodi i katedre,
2. Pokušalište,
3. Centar za cijeloživotno učenje,
4. Knjižnica,
5. Tajništvo

Znanstveno nastavna i stručna djelatnost Fakulteta agrobiotehničkih znanosti Osijek odvija se u šest Zavoda, trideset Katedri te pet Centralnih laboratorija uz tri Fakultetska pokušališta.