Temeljne su ustrojbene jedinice Fakulteta:

1. Zavodi i katedre,
2. Laboratoriji, Praktikumi,
3. Knjižnica,
4. Tajništvo i
5. Pokušališta.

Znanstveno nastavna i stručna djelatnost Fakulteta agrobiotehničkih znanosti Osijek odvija se u jedanaest Zavoda te na jednoj samostalnoj katedri.